Covid-19: Un nouveau test détecte le coronavirus en seulement 5 minutes

Les chercheurs ont utilisé la technologie d'édition de gène CRISPR pour proposer un test qui détecte le coronavirus pandémique en seulement 5 minutes. Le diagnostic ne nécessite pas d'équipement de laboratoire coûteux pour fonctionner et pourrait potentiellement être déployé dans les cabinets médicaux, les écoles et les immeubles de bureaux.

«On dirait qu'ils ont un test vraiment solide», déclare Max Wilson, biologiste moléculaire à l'Université de Californie (UC), Santa Barbara. «C'est vraiment assez élégant.»

Les diagnostics CRISPR ne sont qu'une des façons dont les chercheurs  essaient d'accélérer les tests de coronavirus . Le nouveau test est le diagnostic basé sur CRISPR le plus rapide à ce jour. En mai, par exemple, deux équipes ont signalé avoir créé des tests de coronavirus basés sur CRISPR qui pourraient détecter le virus en environ une heure, beaucoup plus rapidement que les 24 heures nécessaires pour les tests de diagnostic conventionnels des coronavirus.

Les tests CRISPR fonctionnent en identifiant une séquence d'ARN - d'environ 20 bases d'ARN - qui est unique au SARS-CoV-2. Ils le font en créant un ARN «guide» qui est complémentaire de la séquence d'ARN cible et, ainsi, s'y liera en solution. Lorsque le guide se lie à sa cible, l'enzyme «ciseaux» Cas13 de l'outil CRISPR s'active et coupe tout ARN simple brin à proximité. Ces coupes libèrent une particule fluorescente introduite séparément dans la solution d'essai. Lorsque l'échantillon est ensuite frappé par une rafale de lumière laser, les particules fluorescentes libérées s'allument, signalant la présence du virus.

Ces tests CRISPR initiaux, cependant, ont obligé les chercheurs à amplifier d'abord tout ARN viral potentiel avant de le faire passer par le diagnostic pour augmenter leurs chances de repérer un signal. Cela a ajouté de la complexité, du coût et du temps, et a mis à rude épreuve les réactifs chimiques rares.

Maintenant, des chercheurs dirigés par Jennifer Doudna, qui a remporté hier une part du prix Nobel de chimie de  cette année pour sa co-découverte de CRISPR , rapportent avoir créé un nouveau diagnostic CRISPR qui n'amplifie pas l'ARN du coronavirus. Au lieu de cela, Doudna et ses collègues ont passé des mois à tester des centaines d'ARN guides pour trouver plusieurs guides qui fonctionnent en tandem pour augmenter la sensibilité du test.

Dans une nouvelle pré-impression, les chercheurs rapportent qu'avec un seul ARN guide,  ils pourraient détecter aussi peu que 100 000 virus par microlitre de solution . Et s'ils ajoutent un deuxième ARN guide, ils peuvent détecter aussi peu que 100 virus par microlitre.

Ce n'est toujours pas aussi bon que la configuration de diagnostic conventionnelle des coronavirus, qui utilise des machines coûteuses en laboratoire pour traquer le virus à un virus par microlitre, explique Melanie Ott, virologue à l'UC San Francisco qui a aidé à diriger le projet avec Doudna. Cependant, dit-elle, la nouvelle configuration a été capable d'identifier avec précision un lot de cinq échantillons cliniques positifs avec une précision parfaite en seulement 5 minutes par test, alors que le test standard peut prendre 1 jour ou plus pour renvoyer les résultats.

Le nouveau test présente un autre avantage clé, dit Wilson: quantifier la quantité de virus d'un échantillon. Lorsque les tests standards de coronavirus amplifient le matériel génétique du virus afin de le détecter, cela modifie la quantité de matériel génétique présent - et élimine ainsi toute chance de quantifier précisément la quantité de virus contenue dans l'échantillon.

En revanche, l'équipe d'Ott et de Doudna a constaté que la force du signal fluorescent était proportionnelle à la quantité de virus dans leur échantillon. Cela a révélé non seulement si un échantillon était positif, mais aussi la quantité de virus contenue par un patient. Cette information peut aider les médecins à adapter les décisions de traitement à l'état de chaque patient, dit Wilson.

Doudna et Ott disent qu'eux et leurs collègues travaillent maintenant à valider leur configuration de test et cherchent à la commercialiser.

 

AGM

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